2 Что НЕ входило в полномочия Филарета? 1.Совместное правление с царём Михаилом Фёдоровичем
2 Руководство патриаршими приказами
3.Руководство Русской православной церковью
4.Единоличное проведение государственных реформ​

Решение задачи:

Для определения того, что НЕ входило в полномочия Филарета, мы должны рассмотреть каждый вариант ответа по отдельности и анализировать, является ли он частью полномочий Филарета или нет.

1. Совместное правление с царём Михаилом Фёдоровичем - это политическая и административная деятельность, которая вполне могла быть в полномочиях Филарета. Поэтому этот вариант не является ответом.

2. Руководство патриаршими приказами - патриаршие приказы - это административные структуры внутри Русской православной церкви, в то время как вопрос говорит о полномочиях Филарета. Руководство этими приказами могло входить в полномочия Филарета, поэтому этот вариант не является ответом.

3. Руководство Русской православной церковью - это одно из основных обязанностей и полномочий Филарета. Он был патриархом Московским и все его действия, связанные с руководством Церкви, являются частью его полномочий. Поэтому этот вариант также не является ответом.

4. Единоличное проведение государственных реформ - это политические реформы, не связанные с религиозной или церковной сферой. Вопрос спрашивает о полномочиях Филарета, исключая его политическую деятельность. Поэтому этот вариант является ответом, который НЕ входил в полномочия Филарета.

Таким образом, ответ на вопрос: "Что НЕ входило в полномочия Филарета?" - это 4. Единоличное проведение государственных реформ. Остальные варианты (1, 2, 3) входили в полномочия Филарета.