Угрозу распада России по модели СССР руководство страны пыталось устранить подписанием Федеративного договора. Подписать договор предполагалось с 21 республикой, 6 краями, 49 областями, 10 автономными округами, 1 автономной областью и 2 городами (Москвой и Санкт-Петербургом). Договор состоял из трех документов: один предназначался для подписания с республиками, другой - с краями, областями, Москвой и Петербургом, третий - с Еврейской автономной областью и округами. Полномочия региональных органов власти в каждом из документов существенно различались; максимальные полномочия устанавливались для республик.
В отличие от Союзного, Федеративный договор был подписан - это произошло 31 марта 1992 г. Чечня и Татарстан от подписания отказались, Республика Башкортостан подписала с оговорками, оформленными особым протоколом. 19 республик сопроводили подписание протоколом, в котором требовали изменений в Конституции России. По существу, предлагалась модель «договорной федерации», т. е. создание государства по типу США. Россия как государство должна была возникнуть лишь в результате согласия субъектов Федеративного договора на ее создание. Такая модель противоречила как исторической традиции России, веками существовавшей как централизованное государство, так и реальности, в которой 66 из 89 регионов управляли губернаторы, назначенные указами Президента РФ. Федеральный Центр шел на существенные уступки регионам. Однако уступки были восприняты как слабость Центра, и стремление к самостоятельности в республиках только усилилось.
Субъекты Федерации согласно договору оказались поделены на три «сорта». Это породило стремление краев и областей «выбить» себе большие полномочия, повысить свой статус. Например, в 1993 г. было заявлено о создании Уральской республики на территории Свердловской области. С этими же целями пытались поставить вопросы о Южноуральской республике в Челябинской области и Северной республике в Вологодской области.
Конституция России, принятая 12 декабря 1993 г. всенародным голосованием, сняла часть проблем, зафиксировав равноправие субъектов Федерации в отношениях с Центром. Однако на территории Чечни референдум и выборы не проводились. В Татарстане голосование проводилось, но явка избирателей оказалась ниже 25%, поэтому ни выборы, ни референдум в республике не состоялись.
Прекращение противостояния ветвей власти позволило федеральному Центру приступить к решению проблемы регионального сепаратизма. 15 февраля 1994 г. был заключен Договор о разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти Республики Татарстан. Практика подписания договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между Центром и субъектами Федерации не ограничилась Татарстаном. Были заключены 46 договоров. В итоге некоторые регионы (например, Башкортостан, Москва, Татарстан, Якутия) получали значительно большие права, чем прочие субъекты Федерации. Противостоять этому Центр не мог в силу отсутствия дее государства.
