После смерти Тамерлана в 1405 году в столице страны Самарканде воцарился его внук Халиль-Султан, который не смог удержать власть и отдал её в 1409 году своему дяде Шахруху, резиденцией которого стал афганский Герат. В этот период от империи Тимуридов отпали территории Ирака (1405) и Азербайджана (1408). Самарканд был назначен в удел сыну Шахруха Улугбеку. Лишь после смерти Шахруха в 1447 году Улугбек вернул Самарканду звание столицы империи. Однако в 1449 году Улугбека сверг его собственный сын Абд ал Латиф.
Начавшуюся междоусобицу смог остановить тимурид Абу-Сеид, власть которого распространялась на территории Узбекистана и северного Афганистана. Именно он пригласил в Узбекистан кочевых (номинальных) узбеков Абу-л-Хайра. На западе (на территориях Ирана) продолжалась война с туркменскими объединением Кара-Коюнлу и Ак-Коюнлу. При преемниках Абу-Сеида империя Тимуридов разделилась на две части: Мавераннахр — столица Самарканд и Хорасан со столицей в Герате.
В 1501 году выходец из улуса Джучи — Шейбани захватывает Самарканд, вытесняя из него последнего тимурида Бабура. В 1504 году войско Бабура захватило Кабул[25], откуда он предпринимает завоевание Индии (Битва при Панипате) и учреждает империю Великих Моголов.
