Против восставших были направлены карательные войска численностью около 30 тысяч человек с пулемётами и артиллерией. Вс роль играли местные казачьи и поселенческие ополчения. Уже в конце лета восстание было подавлено в Самаркандской, Сырдарьинской, Ферганской и ряде других областей, а в сентябре — начале октября было подавлено восстание и в Семиречье. Последние остатки сопротивления были подавлены в конце января 1917 года в Закаспийской области.
При подавлении восстания нередки были случаи самосуда, в том числе совершённые населением, которое жестоко пострадало от восставших. За убийство своих родителей, жён и детей ополченцы порой мстили невиновным в тех зверствах людям или уже пленным. Приказом туркестанского генерал-губернатора при всех карательных отрядах и во всех уездных городах были созданы военно-полевые суды, которые выносили смертные приговоры.
