Почему в реакции хлора и железа участвует 2 атома хлора? тоже самое с медью и кислородом. если мы записываем уравнение реакции меди и кислорода, то мы кислород записываем как о2?

Да. Это из-за валентности. у кислорода валентность всегда 2 ( только римскими)
Хлор имеет постоянную валентность 1.
единицу обычно не пишут