Тема першої частини повісті "Чайка Джонатан Лівінгстон" - прагнення до самореалізації та виходу за межі обмежень.
Тема другої частини повісті "Чайка Джонатан Лівінгстон" - пошук мудрості, духовного розвитку та відповіді на життєві питання.
Тема третьої частини повісті "Чайка Джонатан Лівінгстон" - вчення про любов, відданість та важливість передачі знань та навичок.
