Кочубей - значимая фигура в поэме, соразмерная роли Мазепы. В первой и второй части поэмы Кочубей становится основным антагонистом Мазепы, что подчёркнуто в одной из последних сцен, связанных с ним: возникает параллель украинской ночи, темницы Кочубея и тёмной души Мазепы. После казни Кочубея место главного антагониста занимает Пётр, лишённый личных мотивов борьбы.
Но сохранил я клад последний,
Мой третий клад: святую месть.
Её готовлюсь Богу снесть
Богат и славен Кочубей.
Его луга необозримы;
Там табуны его коней
Пасутся вольны, нехранимы.
В одной из башен, под окном,
В глубоком, тяжком размышленье,
Окован, Кочубей сидит
И мрачно на небо глядит.
