В Москве-реке теперь водятся даже гуппи: они попали в Москву-реку из чьего-то аквариума. На всем течении Москвы-реки было обнаружено много плотвы. Еще один многочисленный вид – лещ, которого можно встретить на всех участках реки в черте города. Регулярно попадаются также окунь и судак. По данным токсикологического анализа, проведенного при участии Института проблем экологии и эволюции РАН, употребление в пищу рыбы из Москвы-реки, пойманной в городской черте и ниже столицы, опасно для здоровья.
