Погода здесь не отличается теплом: заморозки и снег бывают даже в июле. Зимой на водоёмах образуется лёд, толщиной около 2 метров. Вся территория заповедника находится в зоне сплошной вечной мерзлоты.
На территории заповедника много водоёмов, в их числе довольно крупная река Таймыра протяжённостью около 570 км. А юго-западней большое арктическое озеро -Таймыр. Они разнообразят унылый тундровый ландшафт и создают условия для жизни водных растений и животных[2].
