Как Вы считаете, правильно ли сформулировано задание: « Прочитайте слова. Прислушайтесь к своему произношению, сравните с написанием. Назовите в словах написание, которые не соответствуют произношению, т. е. орфограммы»?
К каким серьёзным последствиям может привести такое понимание орфограммы?

Задание сформулировано неправильно, потому что неправильно дано определение орфограммы.

На самом деле, орфограмма – это правильное написание слов, основанное на правилах грамматики, и произношение здесь ни при чем.

Чтобы грамотно писать, нужно знать правила (орфограммы) и уметь их применять, а неправильное понимание того, что такое орфограмма, может привести к ошибкам при письме.