2) Ему, встревоженному и недоумевающему, было трудно сейчас это объяснить.= обособленные определения, т.к относятся к местоим.
3) Стройные амфоры, то есть кувшинчики с высоким узким горлышком, предназначались для хранения драгоценных душистых масел. = уточняющий член предлож. с словом ТО ЕСТЬ