Школа - 1 склонение, в предложном падеже окончание -е
Гимназия - существительное на -ия, в косвенных падежах (в том числе и в предложном) оканчивается на -ии
в школе-сущ. 1-го склонения,в предложном падеже пишется -е-;
в гимназии- сущ. на -ия-,у сущ. на -ий,-ие,-ия в предложном падеже пишется -и-.
