А) По мрачному небу носились сизые тучи, и, хотя наступил час дня, было темно.
Объяснение:
В предложениях с разными видами связи в случае при столкновении сочинительного и подчинительного союзов ставится запятая. Исключением являются случаи, когда после подчинительной части, имеется вторая часть составного союза то (и если, то; и как только, то; и когда, то). Тогда запятая не ставится.
Простое объяснение: можем по смыслу убрать подчинительную часть -- ставим запятые. Не можем убрать -- не ставим запятые.
