Родился в обедневшей дворянской семье. В 1861 году поступил в Петербургскую Императорскую Академию художеств. Успехи в учёбе позволили ему подать «о даровании закончить художественное образование», которое было удовлетворено — он получил пособие 200 рублей серебром (с ежегодным подтверждением). В 1865 году получил серебряную медаль второй степени за программу: «Проект для Парижской всемирной выставки русского скотного двора»; в 1868 году — 1 серебряную медаль. В 1870 году — звание классного художника 2 степени. При выпуске из Академии за отличные успехи Хабаров был удостоен Советом Академии в декабре 1870 года звания классного художника II степени «с предоставлением права производства построек».
