Рядом со столом — стеклянный ящик; в нём пульсировало человеческое сердце.
1-я основа — ящик (подлежащее в неполном предложении); 2-я основа — пульсировало (сказуемое) сердце (подлежащее).
Если я правильно поняла, то основа: пульсировало сердце (сказуемое и подлежащее)
