Как объяснить букву и в слове у ели

Родительным падежом, этого будет достаточно. У чего? У ели. :)
Надеюсь
Это стандартное склонение, ничего сложного. От того букв "и".

У ели (ж.р.,3скл.) проверочное слово у степи окончание и значит. У ЕЛИ тоже и