Мальчик, который был с ними, не хотел красть их.
Такие знаки препинания, потому что это сложное предложение.
1 предложение: мальчик не хотел красть их.
2 предложение: который был с ними.
Который - это подчинительный союз, а перед подчинительными союзами всегда ставится запятая.
А 2 предложение разрывает 1.
Мальчик , который был с ними не хотел красить их.
Правило на приложенной фотке)
