При употреблении деепричастного оборота производитель действия должен быть одним и тем же. В данном предложении это не так: в деепричастном обороте кто производит действие? Мы. А в основной части - нет производителя действия (нам - это же не подлежащее).
Поэтому предложение нужно перестроить:
Путешествуя вторым классом, мы чувствовали себя некомфортно.
