Укажите все цифры, на месте которых в предложении должны стоять запятые. ночь была черна от низкого (1) покрытого тучами неба (2) и от чёрной земли (3) которая вся за последние дни пропиталась дождевой водой (4) и (5) когда свет из окна падал на протоптанную среди грязи тропинку (6) она лоснилась (7) как чёрный атлас.

Все цифры, на месте которых в предложении должны стоять запятые:
1, 3, 4, 5, 6, 7.

Ночь была черна от низкого,(1) покрытого тучами неба и от чёрной земли,(3) которая вся за последние дни пропиталась дождевой водой,(4) и,(5) когда свет из окна падал на протоптанную среди грязи тропинку,(6) она лоснилась,(7) как чёрный атлас.  

1  – разделяет однородные определения
3, 6 – разделяют главную и придаточную части сложного предл.
4 – разделяет простые предложения, связанные сочинительной связью. 5 – нужна запятая на стыке сочинительного и подчинит. союза, т.к. нет второй части составного союза (то).
7 – обособляет сравнительный оборот.