Идет ли чередование гласных в корне в слове зари

Да, идёт.
Зари, заря, но зори.
Если буква в корне под ударением, то пишем о, иначе а. Исключения: зорянка, зоревать.

Мы пишем букву в зависимости от ударения, но не проверяем им!