Пехотные полки, застигнутые врасплох в лесу, выбегали из леса, и роты, смешиваясь с другими ротами, уходили беспорядочными толпами. почему из леса, и роты пишется через запятую?

Потому, что если убрать причастный оборот /застигнутые врасплох в лесу/ и деепричастный оборот /смешиваясь с другими ротами/ получится предложение: "Пехотные полки выбегали из леса, и роты уходили беспорядочными толпами". Так как это сложное предложение, между двумя грамматическими основами "полки выбегали" и "роты уходили" стоит запятая.