Верно: Когда я первый раз зашел на проект, я не понимал, что делать. Схема: (когда - =), [- =], (что =). Таким образом, здесь сложноподчиненное предложение с параллельным соподчинением придаточных частей (обстоятельственной /когда я первый раз зашел на проект/ и изъяснительной (что делать)).
