Молекула делится на атомы. Атом состоит из ядра и электронов, а ядро – из протонов и нейтронов. Почему нельзя сказать, что вещества состоят из протонов, электронов и нейтронов?

Ответ исходя из  поставленного вопроса может быть таким: Так как именно от комплекса этих веществ будет зависеть масса атома и его заряд.