В результате получается: С моря в ответ отрывисто грянул пушечный выстрел, и, когда дым весь лег на сверкающие искрами волны, всё опять стихло.
Объяснение:
Так как это предложение сложное, то запятые ставятся для разделения грамматических основ (подлежащего и сказуемого). Первая основа - выстрел грянул. Вторая - дым лег. Третья - все стихло. Причем вторая часть сложного предложения (после союза и) является сложноподчиненной.
