Объясните почему вы там поставили запятые: облака над морем потемнели, и повеяло прохладой.

Потому что это предложение сложное и в этом предложении находится 2 сказуемых  а если 2 сказуемых то тогда нужно перед союзом отделять запятой вот и отделили запятой 

Потому что запятая отделяет основы. Облака - подлежащее, Потемнели - Сказуемое. Повеяло - Сказуемое, вторая основа, которая не относится к первой.